Sequencingcentrum Afspraak voor TBC-studie in Zuid-Afrika

WGS-workflows opzetten en optimaliseren Bepaal het meest kosteneffectieve sequencingprotocol voor zowel dWGS als op cultuur gebaseerde WGS in het sequencingcentrum. Voer de vereiste experimenten uit om de dWGS-workflow in het sequencingcentrum te testen, te optimaliseren en af te ronden: DNA-extractie, DNA-kwantificering, bibliotheekvoorbereiding, op cultuur gebaseerde sequencing en cultuurvrije sequencing. De CRO zal helpen bij het verkrijgen van sputummonsters die kunnen worden gebruikt voor deze voorlopige optimalisatie-experimenten.

Werk samen met het R&D-team van Qaigen om de nodige optimalisaties te bepalen om ervoor te zorgen dat hoogwaardige en tijdige dWGS en op cultuur gebaseerde WGS. Genereer baseline RR-TB WGS-gegevens voor de provincie KZN Genereer tijdens de pre-interventieperiode van 12 maanden en tijdens de interventieperiode van 30 maanden WGS-gegevens voor alle cultuurpositieve patiënten met de diagnose RR-TB in de provincie KZN. U ontvangt geïnactiveerde MGIT-culturen van het laboratorium in KZN en verwerkt deze vervolgens van DNA-extractie tot bibliotheekvoorbereiding tot sequencing.

We schatten een totaal van 6.000 niet-real-time monsters die in grote batches moeten worden verwerkt. Dit omvat monsters die gedurende de gehele Real-time sequencing tijdens de interventieperiode van 18 maanden genereren WGS-gegevens in real-time (doorlooptijd, d.w.z. van monsterafname tot gegevenslevering, van minder dan 14 dagen) voor de interventiedistricten, met behulp van monsters uit de niet-interventie en de bredere KZN-provincie om de sequentiestroomcellen op een efficiënte manier te vullen. U ontvangt gedecontamineerde sputummonsters en geïnactiveerde MGIT-culturen van het laboratorium in KZN en verwerkt deze vervolgens van DNA-extractie tot bibliotheekvoorbereiding tot sequencing.

Er wordt van u verwacht dat u regelmatig batches uitvoert met een frequentie van ±3 per maand. We schatten dat dWGS tijdens de interventieperiode op 378 monsters zal worden uitgevoerd.