Licences pour plateforme web gestion et interpretation donnes genetiques

Dans le cadre de ses activités, le service de génétique moléculaire du CHU de Liège a besoin, de disposer d’une plateforme Web pour la gestion et l’interprétation de données génétiques permettant l'interprétation de données génétiques issues de deux types de technologies disponibles au laboratoire de diagnostic de génétique humaine:

• des données d'array-CGH sous le format interval-based report générées par un scanner de micropuces CGH existant dans le service de génétique
• des données sous les formats FASTQ et VCF (produites par l’équipe bioinformatique) suite au séquençage de nouvelle génération (NGS
• next generation sequencing) sur les différents séquenceurs présents dans le service de génétique. En vue de la réalisation des analyses, le service de génétique a impérativement besoin d’un logiciel/plateforme d'analyse et d'interprétation des données qui :
• soit adaptable/flexible : le logiciel doit être agnostique en ce qui concerne le type de donnée analysée (source de fichiers, plateforme de séquençage utilisée). Il doit notamment offrir la possibilité d'analyser les données traitées par le service soit des données NGS à partir de fichiers VCFs et FASTQ ainsi que de données array-CGH à partir de fichiers interval-based exportés de CytoGenomics (logiciel qui traite les données brutes du scanner CGH)
• réponde à la complexité des technologies et thématiques médicales abordées
• assure la traçabilité des opérations réalisées
• offre la possibilité de créer un "arbre de tri" granulaire permettant de : o trier sur base de filtres les variants pertinents par rapport à la pathologie investiguée et obtenir des résultats répondant aux critères recherchés. Il s’agit notamment de variants de type CNV ou SNV ; o l'appliquer (en parallèle et en séquence) sur des données NGS et array-CGH afin d'annoter des variants de type CNV ou SNV et de les filtrer selon différentes annotations et spécificités (type d'analyse/de set de gènes, mode de transmission, type de pathologie, type de variant, fréquences, conséquences, prédictions in silico, présence dans les bases de données,..).
• permette d’assurer une continuité d’accès à la base de données spécifiques alimentée depuis plus de 15 ans par le CHU de Liège. La description et la justification de la procédure sont décrites dans le document annexe au présent avis, déposé sur la plateforme Le présent avis constitue un avis ex ante qui informe les opérateurs économiques de l'intention du CHU de Liège de lancer ce marché par procédure négociée sans publication préalable en application de l’article 42 §1 ° d ii) de la loi du 17 juin 2016 avec l’opérateur économique déterminé QIAGEN. Toute question relative au présent avis sera posée exclusivement par e-mail au Service des marchés publics à l'adresse marches.info@chuliege.be avec en objet la référence "CHULG/25.076
• acquisition d’une plateforme Web pour la gestion et l’interprétation de données génétiques pour le service de génétique du CHU de Liège ".

Le présent marché ne fera pas l'objet d'un avis de marché. La date prévue de publication d'un avis de marché renseignée ci-après correspond à la date présumée d'envoi d'une invitation à introduire une offre à la société QIAGEN